На сайте Unity не так давно появился раздел с рецептами и лучшими практиками.

Это хорошо: иногда решения “из коробки” категорически не подходят в плане производительности. Надеюсь на описание узких мест и, может быть, конкретных решений. Например, подходов по реализации собственных менеджеров объектов взамен умолчательных.

И сходу дельный совет: после того, как сделали прототип, он понравился и был одобрен, будет ошибкой продолжить разработку этого прототипа. Правильное решение - выбросить вообще весь код и начать писать первую версию с нуля, оглядываясь на подходы, опробованные в прототипе.